To, co je nevyjádřitelné, hluboké, komplexní a mělo by být kontemplováno v tichu. Mystérium je něco, co by nemělo být sdělováno, co by mělo zůstat v tajnosti, nebo co je zakázáno vyzradit nezasvěcencům. Mystérium je třeba kontemplovat ve stavu hluboké transfigurace, introspekce a ztišení. Nemělo by být sděleno nikomu, kdo nesplnil předběžné podmínky, ani jakkoli prozrazeno. Pojem má ale i ještě hlubší význam: mystérium je něco nevyjádřitelného, co je – ve své mimořádné hloubce a vnitřní komplexitě – přístupné jen tichou kontemplací.

Starodávný hermetický spis Kore kosmou, jehož autorství je tradičně přisuzováno Hermu Trismegistovi, říká o mystériu: „Závratné mystérium zasvěcení získané od velkého mudrce nemá být nikomu sděleno ani vyzrazeno, protože je nositelem náboje a kvalit božství, které umožňují přístup k energii Boha.“

V alchymii se pod slovy mysterium magnum rozumí z kosmologického hlediska prvotní hmota (prakrti nebo múlaprakrti z filosofie sámkhja) a z kosmogonického hlediska prázdno či separace zdánlivě oddělující Boha a přírodu: „Mudrci nazývají konečný podklad světa mysterium magnum a jeho konečný zdroj popisují jako nepojmenovatelné prázdno, které se nachází přímo před počátečním zdrojem dobra a zla, světla a temnoty, života a smrti, radosti a bolesti, spásy a zatracení; tímto konečným podkladem nebo základem (kterým je jiskra z Boha, přítomná ve všech bytostech v podobě nesmrtelného ducha) je blažená přítomnost, jež existuje jak v lidských duších, tak v andělských bytostech a dokonce i v celém božím stvoření. Tajemným a neočekávaným způsobem tento podklad žije dokonce i ve zlých a nižších bytostech.“ (Jacob Böhme: Mysterium Magnum)